F@H - O RLY? YA RLY!

Begin oktober 2000 is Folding@Home gestart door de Stanford Universiteit. Op dit moment doen meer dan 100 000 mensen mee.

Het doel van Folding@Home is het simuleren van hoe eiwitten folden, misfolden, aggregatie van eiwitten en de hieraan gerelateerde problemen, hierover later meer. F@H begon met een client die versie 1.0 met zich mee droeg. Na verloop van tijd is F@H verbeterd en is een 'nieuw' tijdperk van folden aangebroken met client v2.0. Versie 1 en 2 zijn niet compatible, daarnaast zijn alle stats weer op 0 gezet zodat iedereen op gelijke voet kon beginnen. Op dit moment is er een client, met versie 5 voor Windows, Linux en MacOS X en met een omweg ook op *BSD.

Natuurlijk moesten de Dutch Power Cows ook van de partij zijn. Op woensdag 24 Oktober 2001 verscheen op GoT de eerste stats voor dit project. Sinds die tijd is het aantal mensen gestaagd gegroeid van 14 tot over de 1000 leden. Vergeleken met andere projecten is F@H dus een kleintje. Des al niet te min is DPC bij F@H een top30 speler.

Het doel is meer te weten komen over eiwitten. Voornamelijk over wat ze doen en hoe ze vouwen(folden). Eiwitten zijn de werkpaarden van het lichaam, maar voordat ze kunnen werken moeten ze zich op een bepaalde manier rangschikken, het zogenaamde ordenen, folden. Dit folden is fundamenteel voor alle biologische wezens, maar als kennis voor de mens eigenlijk bijna een compleet mysterie. Dit folden gebeurt constant in het lichaam, maar het gebeurt wel eens dat dit misgaat, het zogenaamde misfolden. Soms is er niks aan de hand als dat gebeurt maar het kan ook gebeuren dat, dat wel zo is. Een aantal ziektes zijn gerelateerd aan dit misfolden, bijvoorbeeld Alzheimer's, BSE(mad cow) , CJD(Creuzfeld Jacobs Disease), ALS en Parkinson's.

De Folding@Home client simuleert het folden van deze eiwitten, maar ook bijvoorbeeld misfolden en aggregatie tussen eiwitten. Door dit te simuleren wordt het mogelijk gemaakt direct onderzoek te doen naar het folden en de hieraan gerelateerde ziekten.

Eiwitten zijn eigenlijk aaneenschakelingen van aminozuren. Deze amigo zuren rangschikken zich in lange kettingen van moleculen. De eiwitten vormen de basis voor de manier waarop een lichaam dingen doet. Ze zijn de 'brandstof' voor alle biologische processen in een lichaam. De eiwitten zijn de bouwstenen voor ons lichaam van botten tot aan haar. Daarnaast spelen ze een belangrijke rol in ons afweer systeem. Ze hebben de 'kennis' om dingen die niet in een lichaam thuis horen te herkennen en te verwijderen, zoals bijvoorbeeld griep of de mazelen. Doordat de eiwitten eigenlijk de basis is voor alles in de biologie zijn onderzoekers er erg geïnteresseerd in. Hoe de eiwitten zijn opgebouwd is tegenwoordig volledig bekend, door het human genome project. De blauwdrukken zijn dus al bekend maar wat men nog steeds niet weet is hoe deze eiwitten hun taak kunnen volbrengen.

Folding@home is een project van de Stanford University in de verenigde staten en is een non-profit organisatie. Het mooie is dat de data die verkregen wordt met Folding@Home binnenkort publiekelijk beschikbaar wordt gesteld zodat andere onderzoekers makkelijk de data kunnen gebruiken voor hen eigen onderzoek.

Jane en Leland Stanford richtten de universiteit op ter nagedachtenis van hen kind die in 1884 op 15 jarige leeftijd overleed aan tyfus. Omdat ze niets meer voor hun eigen kind konden doen besloten ze om hun rijkdom in te zetten voor de kinderen van anderen. Na 6 jaren van plannen en bouwen, opende op 1 oktober 1891 de Stanford University voor het eerst haar deuren. Vandaag de dag zitten er meer dan 14.000 studenten op de Stanford University.

Binnen de Stanford University houdt een bepaalde groep mensen zich bezig met het project Folding@home, deze groep noemt zich de Pande Group. De Pande Group houdt zich dus bezig met het wetenschappelijke onderzoek zelf, maar ook bijvoorbeeld met de statistieken en de software die gebruikt wordt.

De duur van het project is in principe oneindig, natuurlijk altijd afhankelijk van de financiën. Daarnaast is de complexiteit van dit onderzoek van dusdanig niveau dat het niet een twee drie mogelijk is een oplossing te vinden, daarnaast zal er nooit één gouden oplossing gevonden kunnen worden.

Omdat er geen einde aan het project zit, en er niet één winnend punt is of iets dergelijks, is er geen uiteindelijke winnaar die een prijs krijgt. Eigenlijk is de maatschappij de winnaar - wie weet welke ziektes er allemaal genezen kunnen worden in de toekomst door dit onderzoek!

Voor het folding@home programma zijn er geen mogelijkheden bekend om via een netwerk van buitenaf toegang te verkrijgen op een pc die de client draait.

Valsspelen (het zgn. cheaten) is bij folding@home niet mogelijk. Cheaten gebeurt bij veel projecten door werk op te halen van een van de centrale servers en vervolgens snel een nepresultaat te genereren en dit terug te sturen naar de server waarna de server denk dat er werk is verricht en dus een beloning in punten geeft.

Bij folding@home is dit niet mogelijk omdat de teruggestuurde pakketen op de server worden gecontroleerd op geldigheid. De methode voor deze controle wordt door Stanford geheim gehouden waardoor cheaten dus niet mogelijk is. Ook houden de servers op Stanford keurig bij met welk eiwit jij bezig bent en accepteren ook geen ander eiwit van jou dan diegene die jij eerst van hun hebt gekregen.

Voor deelname aan folding@home hoef je geen persoonsgegevens af te staan. Zelfs je naam hoef je niet op te geven. Wel is het mogelijk om als naam voor je subteam een e-mail adres in te vullen. Mensen die bekend zijn met Distributed computing zullen het weten... De namen van subteams worden in de statistieken gepubliceerd. Je zou dus denken dat je e-mail adres zo op internet komt te staan in de statistieken. Gelukkig heeft Stanford hieraan gedacht. Bij het maken van statistieken wordt enkel het deel voor het apestaartje ( @ ) vermeld. Mocht je dus in mailinglists of adressenlijsten worden opgenomen... aan Stanford zal het niet liggen.

Er zijn clients voor Windows, Linux, MacOSX en met aanpassing ook voor NetBSD en OpenBSD.

De minimale systeemeisen voor een pc die gemiddeld 10 uur per dag aanstaat is een Intel Pentium 2 500Mhz (of vergelijkbaar) met 64mb ram. Zo'n pc zou net alle deadlines moeten kunnen halen. Aangeraden wordt wel om langzame pc's op de zogenaamde "timeless units" projecten te zetten.

Om deel te nemen aan folding@home is het niet nodig te registreren. Het eenmalig invullen van je gegevens (bij installatie van de client) is voldoende. Vul je een nieuwe naam in, dan ziet stanford dat en wordt er automatisch een nieuwe user geregistreerd. Hier hoef je verder niets voor te doen.

Om te verifieren of je nieuwe subteam goed is ingevoerd, zul je moeten wachten op de statistieken van de dag nadat je je eerste werk (workunit) teruggestuurd hebt naar de server. In deze statistieken zul je dan je subteam's naam terug kunnen vinden.

Er wordt uitgegaan van een grafische windows installatie op een pc met 1 logische en/of fysieke cpu. Voor een installatie op een systeem met meerder cpu's of een console installatie lees "Dual en HTT systemen".

Download allereerst de client van de Folding@home site en start deze daarna op.

De 1e 3 schermen dienen als welkom en worden de voorwaarden getoond. Bij het 4e scherm wordt gevraagd een naam op te geven. Standaard zal hier al de naam van de gebruiker staan waarmee je bent ingelogd. Ben je daarmee tevreden dan kan je het laten staan. Zoniet verander het dan meteen. Wil je meedoen met een subteam vraag dan naar informatie bij je subteamleden of lees het kopje "Subteams" ergens achterin deze faq.

5e scherm vraagt waar het programma moet worden geinstalleerd. Aangeraden wordt om het bij de standaard locatie te houden. Hierna zal nog worden gevraagd waar je de snelkoppeling in je "start menu" wilt hebben.

Als laatste wordt gevraagd of de applicatie meteen moet worden uitgevoerd en/of de readme file moet worden bekeken.

Gefeliciteerd, je bent nu de trotse eigenaar van een Folding@home installatie. Nu snel alle stappen herhalen om de andere pc's in jouw bezit! Je zal in de statistieken komen zodra je 1 unit af hebt en opgestuurd. Voor details over de huidige status van je client volstaat het 1 keer klikken op de rode bloem rechtsonderin in je systemtray.

Folding@Home biedt ondersteuning voor meerdere fysieke of logische cpu's. Dit gaat alleen niet vanzelf.

Om hiervan volledig gebruik te maken ben je verplicht tot het runnen van 1 console per fysieke of logische core.

Download de console client van de Folding@home site.

Stop de client in een aparte map. Herhaal dit voor elke logische of fysieke cpu die er in jouw systeem zit. Dat komt bijvoorbeeld neer op 2 mappen voor een P4 3.2Ghz en 4 mappen voor een Dual Xeon 2.8Ghz.

Nadat de client in alle mappen aanwezig is kan deze worden gestart. Let op! Tijdens de installatie wordt gevraagd om een "MachineID". Dit moet in elke map een ander nummer zijn: 1 t/m 8. Bij een andere pc kan je gewoon weer met een schone lei beginnen.

Het configuratieproces ziet er als volgt uit:

Configuring Folding@Home... User name [anonymous]? #Je eigen nickname Team Number [0]? #Dit is 92 voor DPC Launch automatically at machine startup, installing this as a service (yes/no) [no] #Spreekt voor zich Ask before fetching/sending work (no/yes) [no]? #moet het zenden/versturen automatisch gaan of niet User Internet Explorer Settings (no/yes) [no]? #gebruik internet instellingen van IE ja of nee Use proxy (yes/no) [no]? #is er een proxy aanwezig Allow receipt of work assignments and return of work results greater than 5MB in size (such work units may have large memory demands) (no/yes) [no]? #pas aan te raden bij 512MB ram of meer Change advanced options (yes/no) [no]? #bij no komen onderstaande opties niet aan bod, kies "yes" Core Priority (idle/low) [idle]? #prioriteit van de client, aangeraden wordt "idle" CPU usage requested (5-100) [100]? #hoeveel procent mag het proces maximaal gebruiken Disable higly optimized assembly code (no/yes) [no]? #sse/sse2/altivec/3dnow uitschakelen ja of nee Pause if battery power is being used (no/yes) [no]? #stopt de client wanneer de pc niet op netstroom zit Interval, in minutes, between checkpoints (3-30) [15]? #auto-save na zoveel minuten Request work units without deadlines (no-pref/no/yes) [no-pref]? #handig voor langzame pc's, anders gewoon "no" Ignore any dealine information (no/yes) [no]? #gaarne op "no" laten staan Machine ID (1-8) [1]? #heel belangrijk

Maar dan zijn we er nog niet. Omdat Folding@Home altijd zijn werk doet in de folder die aangegeven staat in het register is het nu nodig om de client te forceren te blijven werken in de map waar de client in is geinstalleerd. We gaan immers meerdere consoles draaien die hun werk wel gescheiden moeten houden. Dit is te realiseren met de -local flag. Deze flag is niet nodig als de clients later als service worden geïnstalleerd met behulp van de ingebouwde service optie.

Sinds V5 heeft Folding@home native service support. Tijdens de configuratie wordt je gevraagd of je de client als service wilt installeren. De installatie zal hierna verder gaan als gewone console en bij het rebooten (of handmatig starten van de service) zal de console zich in de achtergrond als service gaan gedragen.

Q: Is het mogelijk om 2 clients op 1 pc beide als service te laten draaien op deze manier? A: Ja dat is mogelijk, de servicenaam wordt automatisch aangepast -> 1 - 2 - 3 etc

Q: Hoe geef ik bij deze service flags mee zoals -verbosity 9? A: Dat gaat momenteel helaas alleen via het register:

HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\Services\FAH@: of HKEY_LOCAL_MACHINE\CURRENTCONTROLLSET\SERVICESAH@:

Daar zie je een key "Imagepath" staan met al 1 flag. Bewerk deze key en gooi er simpelweg de gewenste flags achteraan.

Download de grafische versie van F@H Installeer deze en start hem daarna op. Vul hier alle details zoals username en eventuele proxy settings in. Sluit F@H af Klik op Start / Uitvoeren en type vervolgens "regedit" (geen " ) Browse naar de volgende locatie: HKEY_LOCAL_MACHINE/Software/Microsoft/Windows/CurrentVersion/RunServices Maak hier een nieuwe tekenreeks waarde aan / new string value. Noem deze voor het gemak F@H Edit deze string nu en vul in: C:\Program Files\Folding@Home\winfah.exe Oftewel, het pad naar de F@H exe. Eventuele flags zijn zo ook mee te editen C:\Program Files\Folding@Home\winfah.exe -forceasm -verbosity 9 Windows afsluiten en opnieuw opstarten. CTRL+ALT+DEL laat nu zien dat "WinFah" draait hoewel deze nergens te zien is. Voila, uw eigen win9* service.

De linux installatie is vrij simpel. Download allereerst vanaf Stanford de linux console. wget http://www.stanford.edu/group/pandegroup/release/FAH502-Linux.exe chmod +x FAH502-Linux.exe # daarna eerst even de client configureren ./FAH502-Linux.exe -configonly # configureer de client naar wens maar vergeet niet dat DPC teamnummer 92 heeft # na de configuratie kan de client worden gestart: ./FAH502-Linux.exe -verbosity 9 #of hidden nohup ./FAH502-Linux.exe -verbosity 9

De flags: -pause -service -local zijn niet aanwezig in de linux console.

Een andere handig methode om de client te installeren is gemaakt door Ivoshiee, finstall. Hij heeft een aantal scripts gemaakt dat niet alleen de client installeerd en configureerd maar ook als service start. De installatie methode werkt onder Linux, FreeBSD, OpenBSD, MacOSX en Wine. Ivoshiee heeft op het forum van Folding@home een uitleg geplaatst.

De MacOS X installatie is bijna net zo makkelijk als die voor de andere UNIX OSen. $ curl -O http://www.stanford.edu/group/pandegroup/release/FAH5.02-CLI.dmg $ hdiutil mount FAH5.02-CLI.dmg Checksumming DDM... DDM: verified CRC32 $7BFE68F4 Checksumming Apple (Apple_partition_map : 0)... ... Apple (Apple_partition_map : 0): verified CRC32 $7C71A22C Checksumming disk image (Apple_HFS : 1)... .................................................................................................................... disk image (Apple_HFS : 1): verified CRC32 $D6C4A0BF Checksumming (Apple_Free : 2)... (Apple_Free : 2): verified CRC32 $00000000 verified CRC32 $0D22E3BC /dev/disk5 Apple_partition_scheme /dev/disk5s1 Apple_partition_map /dev/disk5s2 Apple_HFS /Volumes/FAH5-CLI $ cp /Volumes/FAH5-CLI/fah5 . $ hdiutil eject disk5 "disk5" unmounted. "disk5" ejected. $ ./fah5 -configonly $ ./fah5 -verbosity 9 -local

In het engels maar dat moet voor de OpenBSD gebruikers geen probleem zijn. Enjoy!

Make sure you have openbsd 3.5 or later installed As root type the following commands:

sysctl -w kern.emul.linux=1 echo 'kern.emul.linux=1 # enable running Linux binaries' >> /etc/sysctl.conf cd /usr ftp ftp://ftp.openbsd.org/pub/OpenBSD/3.5/ports.tar.gz tar xzf ports.tar.gz cd /usr/ports/emulators/redhat/base make install

Now download the Linux Console version 5.02 as regular user, eg:

mkdir fold cd fold ftp http://www.stanford.edu/group/pandegroup/release/FAH5Console-Linux.exe chmod +x FAH5Console-Linux.exe ./FAH5Console-Linux.exe -openBSD -advmethods

It can not fold tinker core and error out for some reason. So I normally add the flag -advmethods to get more gromacs and being more productive rather than error out on tinker core all the time.

De FreeBSD installatie is bijna gelijk aan de Linux installatie, je hoeft de client alleen de -freeBSD flag extra mee te geven. Download allereerst vanaf Stanford de linux console. wget http://www.stanford.edu/group/pandegroup/release/FAH502-Linux.exe chmod +x FAH502-Linux.exe # daarna eerst even de client configureren ./FAH502-Linux.exe -configonly # configureer de client naar wens maar vergeet niet dat DPC teamnummer 92 heeft # na de configuratie kan de client worden gestart: ./FAH502-Linux.exe -freeBSD -verbosity 9 #of hidden nohup ./FAH502-Linux.exe -freeBSD -verbosity 9

De flags: -pause -service -local zijn niet aanwezig in de linux console.

Het backuppen van de client gaat vrij eenvoudig. Backup allereerst de volledige Folding@home map inclusief de work directory. Voor windows installaties is het daarna ook nodig om het userID uit het register te halen. Start hiervoor "regedit" en exporteer de gehele "PandeGroup" keyreeks. Deze is te vinden onder: HKEY LOCAL MACHINE/Software/PandeGroup/ Vergeet deze niet weer te importeren als je een backup wilt terugzetten op een systeem waar het userID nog niet bekend is.

Om resultaten handmatig te versturen kun je het beste gebruik maken van de console versie van Folding@home; de grafische versie geeft niet genoeg feedback. Start de client met de flag -send all of -send *, waar * staat voor het cache slot wat moet geupload moet worden: C:\Program Files\Folding@Home\fah502-console.exe -send all Linux: /home/$user/FAH502-Linux.exe -send all De resultaten zullen nu worden verzonden naar de servers van Stanford. Zodra de client hiermee klaar is zal hij zichzelf afsluiten.

Hieronder alle mogelijke flags voor de Folding@Home client versie 5.02

Slaat al het werk lokaal op en kijkt niet naar de in het register vermelde installatie lokatie. Wordt aangeraden voor het gebruiken van meerdere clients. Niet nodig voor de Linux client. Geeft aan in in welke mate je output van de client wilt hebben. * gaat van 1 tot en met 9. Waar 1 bijna niks is en 9 maximaal. Aangeraden wordt om altijd met -verbosity 9 te draaien i.v.m. troubleshooting. Het forceren van het verzenden van gebufferde units. De client zal nu alleen opstarten om resultaten te versturen en afsluiten zodra hij hiermee klaar is. -send * gebruiken voor specifiek aangeven welk queue slot moet worden verstuurd. En -send all voor het versturen van alle gebufferde units. Geeft alle cache slots weer met hun status. (leeg/vol/current) Start de client om de configuratiefile (client.cfg) aan te passen. Hierna zal de client doorgaan/beginnen met werken. Start de client om de configuratiefile (client.cfg aan te passen. Hierna zal de client afsluiten. Het handmatig verwijderen van queue slots. * staat voor nummer van queue slot. In principe nooit nodig; de client zal zelf bepalen of een unit moet worden verwijderd of niet. Aanwezig in noodgevallen. De client zal na het voltooien van de huidige unit deze proberen te verzenden en daarna op standby gaan. De client zal 1 unit afmaken en daarna stoppen. Moet worden gebruikt als de client als service is geinstalleerd met behulp van een programma anders dan de client zelf. Met deze flag zal de client niet afsluiten als de user zelf uit wil loggen. Niet nodig voor de linux client en als de als de client is geinstalleerd via de ingebouwde service-installer Hiermee wordt het gebruik van SSE instructies geforceerd. In het geval van een crash of instabiliteit zal je client daarna de SSE instructies uitschakelen om zo toch, hetzij langzamer, door te kunnen gaan. Deze flag zorgt ervoor dat dat niet gebeurd en de client hoe dan ook SSE instructies zal gebruiken. Indien SSE instructies niet aanwezig zijn zal worden teruggevallen op 3DNow of, als deze ook niet aanwezig zijn, op normale instructies zonder optimalisatie. Indien de pc een Mac is zal er alleen geforceerd gebruik worden gemaakt van Altivec *OBSOLETE SINCE V5. Alleen vermeld uit historische overweging :P Hiermee geef je aan tevreden te zijn met BETA units; deze units zijn nog niet 100% bugvrij. De ervaring leert echter dat bugs hier nauwelijks in voorkomen en dat het als voordeel heeft dat het bijna altijd betekend dat je Gromacs krijgt. Geen uitleg nodig lijkt mij. Ook wel duidelijk zo.

Het is mogelijk om offline machines van werk te voorzien. Voor elke online machine kunnen 7 offline machines worden gebruikt. Maak allereerst een installatie met "MachineID 1". Maak hierna nog een map aan met een installatie met "Machine ID 2" Zie "Megaflushen" voor het volkrijgen van de cache van deze installatie. Exporteer de registerkey van stanford HKEY_LOCAL_MACHINE/software/pandegroup naar een verwisselbaar medium. Kopiëer vervolgens de hele dir inclusief /work naar een verwisselbaar medium Importeer op de offline machine vervolgens de registerkey en gooi daarna de client directory op dezelfde plek waar je hem op de online pc vanaf hebt gehaald. Start de client. Herhaal dit bij elke machine maar dan met een ander "MachineID". Het flushen van resultaten kan gedaan worden zonder opnieuw gekloot met registerkeys; dit is éénmalig geweest. Kopiëer de hele directory weer terug naar de online pc en start deze met -send all

Megaflushen hoort sinds de V4.0 client tot de mogelijkheden van Folding@Home.

Standaard kan met de client een buffer worden aangelegd van 10 workunits. Voorheen waren dit altijd Genome@Home units maar met het einde van dit project zijn deze units vervangen door echte Folding@Home units. In het begin waren dit vrijwel alleen Tinker units maar vandaag de dag kunnen dat net zo goed Gromac units zijn.

Het concept is simpel:

Run de client en geef tijdens de configuratie aan dat je timeless units wilt.
Geef "yes" bij de vraag: "minimize networking/download in batches" In je client.cfg file zal dit het volgende toevoegen: [clienttype] type=2 nonet=yes Hierdoor zal de client 10 units bufferen en deze daarna 1 voor 1 uitrekenen

Nu kan het nog ingewikkelder gemaakt worden door te zeggen er niet alleen door 1 installatie 10 units kan worden gespaard, maar dat je ook nog eens 8 installatie's kan maken. Dat leverd dus 80 units op die je kan cachen. Hieronder wordt beschreven hoe dat in zn werk gaat maar vooraf wil ik alvast melden dat dit voor de geavanceerde gebruiker is!

Kort gezegd: 1 UserID: bewaard als registerkey Elk UserID kan 8 MachineID's bevatten. UserID's worden door Stanford toegewezen, hiermee kloten heeft tot gevold dat je geen punten krijgt voor ingeleverde units. MachineID's kan je zelf in de client.cfg of tijdens de configuratie installen.

De benodigdheden: UD-monitor Console V5 Geduld
Download de fah5console.exe van Stanford en plaats deze in een aparte map. Ga nu via de command prompt naar die map toe en geef als commando: fah5**console.exe -local -configonly De console zal nu starten en beginnen met de configuratie van de client. Geef hier aan dat je "timeless units" werk wilt doen en geef "yes" bij "minimize networking". Username lijkt mij duidelijk. Teamnummer is nog steeds 92. MachineID = 1. Hierna zal de client afsluiten zonder een unit te hebben gedownload, dit komt later pas.
Installeer en run UD-Monitor via de udmon-fah.bat file. UD-Monitor zal nu vragen om de locatie van de client. Wijs deze aan.
Ga in UD-Monitor naar de tab "Cache" en vink daar aan: "Use cache" Geef dan een rechtermuisklik in het witte veld en kies voor "New slot". Herhaal dit tot je 8 slots heb gemaakt.
Geef nog een keer een rechterklik in het witte veld en kies nu voor de optie "send/receive" (f12) UD-Monitor zal nu de cache van elk slot gaan vullen. Dit kan een tijdje duren; 80 wu's is niet niks.
Voordat je UD-Monitor nu start ga je eerst naar "settings" -> "F@h" en kies je voor de optie "Configure slots" Geef hier aan dat je een proxy wilt gebruiken en vul als proxy een niet bestaande proxy in. Hiermee zorg je ervoor dat je clients nooit hun resultaten zullen versturen maar lekker alles bufferen.
Configureer UD-monitor nu verder naar eigen wens en start het. Verander NOOIT de command-line parameters! Laat deze altijd op ALLEEN -local staan! Doet je dit niet dan kan je hiermee je hele cache verkloten!

Het gedeelte megaflushen is niet foolproof

"It isn't a service if it isn't monitored. If there is no monitoring then you're just running software."

Weatherman's site

Electron Microscope III of kortweg EM, is een client monitor welke tot 50 clients kan monitoren.

Operating System: Windows

DCMonitor

DCMonitor kan voor diverse projecten de client monitoren. Momenteel zijn de ondersteunde projecten: Distributed Particle Accelerator Design (DPAD/MUON), Great Internet Mersenne Prime Search (GIMPS), Search for Extra Terestrial Intelligence (SETI), Folding at Home (F@H) en Seventeen or Bust (SoB)

Operating System: Windows

FAHLog Stats

FAHLog Stats is een programma wat door middel van alleen de logfiles van de Folding@Home client meerdere clients te monitoren.

Operating System: Windows

qd (mirror)

qd is een kleine command-line applicatie om de inhoud van queue.dat van de Folding@Home client te tonen.

Na het tragisch overlijden qd's auteur Dick Howell in Augustus 2005, zijn er sinds November 2005 de automatische updates van qd beschikbaar op deze website. Deze updates worden verzorgt door de developer van fci in samenwerking met de developers van InCrease en EM3

Operating Systems: Windows, Linux, MacOS X, FreeBSD, OpenBSD

Folding@Home Client Info

Folding@Home Client Info of kortweg fci, is een set Perl scripts welke in combinatie met een Apache mod_perl website Folding@Home clients kan monitoren. Door het client-server design kan fci zowel Windows als Linux clients monitoren. Het word ontwikkeld door een member van DPC

Operating Systems: Windows, Linux

InCrease

InCrease is een GUI voor het installeren, configureren, monitoren en controleren van de Folding@Home command-line client voor OSX.

Let bij het configureren goed op het team nummer welke in InCrease standaard op 1971 staat. Het team nummer van de developer, Team MacOS X. Gebruik team nummer 92 voor de Dutch Power Cows.

Operating Systems: MacOS X

Gebruikers achter een oude squid proxy kunnen problemen ondervinden door een standaard instelling daar die het de user onmogelijk maakt bestanden groter dan 1mb te uploaden.

Folding@home maakt gebruik van poort 80 en 8080, zet deze voor Folding@home dan ook open in je firewall. Tevens is bekend dat Norton Internet Security niet goed overweg kan met Folding@home. De client kan zonder waarschuwing de toegang tot internet worden ontzegd terwijl deze volgens de configuratie wel toegang zou behoren te hebben. Dit probleem is alleen op te lossen door een andere firewall te gebruiken.

EARLY_UNIT_END FILE_IO_ERROR CLIENT_DIED UNKNOWN_ERROR Client-Core Communications Error BAD_FRAME_CHECKSUM SPECIAL_EXIT Quite possibly the most common error found today. EARLY_UNIT_END is usually caused by one of two things: a bad WU or an unstable system.

If you get one isolated EARLY_UNIT_END, it's most likely just a WU that is bad. It's not a problem, and you shouldn't worry about it. It's usually caused when atoms in the WU reach impossible positions and Gromacs can't continue.

Multiple EARLY_UNIT_END errors are a sign of a severe problem with your machine. Machines that are clocked too high, have heat problems, or possibly have SSE forced on (AMD only) will generate this error. You should stop F@H if you get more than one EARLY_UNIT_END per week per machine, and certainly if you get two in a row. Make sure your machine is up to spec, with reasonable temperatures, reasonable clocking (CPU, FSB, and memory must all be stable), and a good, powerful PSU. EARLY_UNIT_END is most often caused by problems with a user's machine, and an abnormal number of them certainly merits examining your system.

NOTE 1: This message may also be accompanied by a message about LINCS WARNING which gives more information to the programmer about the specific type of error.

NOTE 2: See the description about "-forceasm" causing SPECIAL_EXIT on certain AMD based systems. If you are running an AMD Athlon XP with the Thoroughbred or Barton cores, you should remove the "-forceasm" switch, most likely fixing your problems.

An error that occurs when disk operations go bad. This is a fairly general error, having many sub-types. It has plummeted in frequency since the release of Gromacs Core 1.46. Now, this error usually happens when a hardware error occurs: something like "Write 0010, read back 0011". If you experience this error, make sure your hard drives are OK: run ScanDisk, CHKDSK, or fsck, make sure the IDE bus is in spec, make sure you're using good IDE cables, and make sure the drive isn't dying.

FILE_IO_ERROR has also been reported to occur if two Console clients working on the same unit are started. This can occur if you accidentally start one client twice on a dually, instead of two clients once. Thanks to sortofageek for contributing the part about two clients causing this error.

This happens when, simply enough, the client dies. The core is still running, and can't find the client, so it shuts down. This is usually related to overclocking and/or overly aggressive memory timings. Back down on these and this error should vanish. A now rare Gromacs error that usually occurs if there's a corrupt WU being processed. It is no longer common and any instances should probably be reported (post a log, etc.). You may also want to check your hardware if you've had past errors. There are several different kinds of this error.

ERROR 0xX is basically another form of an unknown error. It can be found on Linux if you're having Glibc version problems. See the Linux forum for more info. Overclocking is another possible cause. ERROR 0x1 has occured with both Gromacs and Genome units. Its cause is still unknown. This error has not been replicated by the Pande group. There are known solutions to 0xX if it's caused by overclocking (stop!) or Glibc (see Linux forum). Otherwise, there's no known fix. Post relevant sections of FAHlog.txt (including version and type of client) and which version your OS is and continue folding/genoming.
ERROR 0xC0000005 means there was a memory access violation. This is a standard Windows error code for any program trying to access memory it does not control. This can be a rare hardware error and is not cause for concern. Old versions of clients/cores can also cause this problem.
ERROR 0x________, where the blank is an eight-digit hexadecimal code, is usually a general Windows error. Look up the specific Windows error code (if you need help, just post a thread) and you will most likely find the cause. Thanks to Bruce and Guha for clarifying 0xX errors.

You'll see a block in your log that looks something like this: [hh:mm:ss] Header on frame 220 differs from expected header [hh:mm:ss] Got: A028B-5C-3E84B02E-EA1B7D4: 0220 [hh:mm:ss] Expected: A028B-5C-3E84B02E-EA1B7D4: 0219 Note that the two lines of Hexadecimal numerals are the same. This strange error only occurs with Tinker units. The only known cause is when two or more clients are started at once and are working in the same directory, but there may be other causes. This error often, bizzarely, occurs on an early frame but is not detected until the unit's end. This severe error means that something unknown happened inside the Gromacs core. The only known cause is when "-forceasm" is applied to an AMD system that is not 100% stable with SSE. CPUs that have had problems include the Thoroughbred B, Barton, and Opteron cored processors. In this case it should be dealt with as an EARLY_UNIT_END error (see above). Removing "-forceasm" will almost certainly fix the problem. SSE related errors are now fairly rare, compared to a few months ago.

If you are not forcing use of SSE and this error occurs, a log should be posted as this is a serious problem.

In de huidige client zit een bug die er voor zorgt dat wanneer men gebruikt maakt van het cachen van timeless units er bij een volle queue de eerste unit niet wordt verzonden. Dit probleem is erkend en een tijdelijke oplossing is er in het runnen van het programma qgen. Dit programma is te vinden op de site van Dick Howell en op het forum is de hele bug nog eens na te lezen. Met dank aan ColdFusion voor het vinden en rapporteren van de bug!

SandStar
ICQ: 62772624
IRC: irc.sorcery.net #dpc #folding@home
Mail: SandStar at DutchPowerCows.org